Le capitaine Willard vient de passer une semaine dans sa chambre à Saigon, à se morfondre et à s'enivrer plus que de raison. Il se voit bientôt confier une nouvelle mission. Au coeur de la jungle, un certain colonel Kurz, échappant à tout contrôle, règne en despote sur un petit village soumis. Willard est chargé d'abattre cet homme, jadis très brillant mais apparemment devenu fou. Willard entreprend de remonter le fleuve qui le sépare de Kurz. Pour favoriser sa progression, le colonel Kilgore décide de "nettoyer" un village vietnamien. Willard avance, s'enfonçant dans la jungle, dans l'horreur guerrière et la folie...