Du programme Treadstone, dont Jason Bourne était le cobaye, est né "Outcome". Aaron Cross est l'un des agents de ce groupe, qui a pour objectif non seulement de former des tueurs, mais surtout des hommes capables d'assurer des missions à haut risque. Mais désormais le destin de ces agents est compromis : Jason Bourne, en dévoilant une partie de cette organisation, les a condamnés à une liquidation brutale. Ils seront effacés à jamais afin que le fondateur du programme, le colonel Byer, puisse poursuivre ses activités machiavéliques sans être dérangé. Le premier agent à éliminer est Aaron Cross : il réussit à s'enfuir et fait équipe avec le docteur Marta Shearing, une généticienne...