A Reykjavik, dans un repaire de pirates informatiques, Nicky Parsons, ancienne analyste, parvient à infiltrer le service informatique des services secrets américains. Bien que localisée par Heather Lee, brillante informaticienne de la CIA, elle réussit à récupérer sur une clef USB de nombreux documents sur plusieurs projets confidentiels. Peu de temps après, c'est à la frontière entre la Grèce et la Macédoine que Nicky Parsons retrouve la trace de l'agent Jason Bourne. Mais Robert Dewey, le directeur de la CIA, et Heather Lee parviennent à les localiser dans les rues d'Athènes. Commence alors une traque implacable, de Berlin à Londres, en passant par Las Vegas...