En 2010, le tueur immortel Jason Voorhees est emprisonné dans la cellule blindée d'un laboratoire installé sous les eaux de Crystal Lake. Les scientifiques décident de se servir du monstre comme sujet d'étude. Seulement, l'indestructible Jason parvient à se libérer de ses liens et les tue tous sauf une femme, la jeune Rowan, qui parvient à l'entraîner vers la salle de cryogénisation. Elle s'y retrouve enfermée avec lui et est aussi congelée. En 2455, une équipe d'archéologues visite la Terre désertée. Ils découvrent les corps de Rowan et Jason, raniment la première et étudient le second, qui est cliniquement mort. Mais Jason revient une nouvelle fois à la vie et se met à décimer l'équipage du vaisseau qui les transporte...