Tout a changé à Marseille : Léo Mattéï doit s'habituer à travailler avec un nouveau commissaire et une nouvelle équipe. Des enquêtes sur le suicide d'une adolescente, un lourd secret de famille et la fugue d'un enfant vont permettre de souder les liens entre Mattéï et ses coéquipières, la bouillonnante Inès Salma et la sage Marion Da Costa. En cette 9e saison, la brigade s'est presque totalement renouvelée avec l'arrivée de Stomy Bugsy, Lola Dubini et Romane Portail. Elle accueille également une nouvelle venue irrésistible, le labrador Donna, la propre chienne de Jean-Luc Reichmann.