En 1940, les troupes allemandes viennent d'envahir la France et commencent à s'installer sur le territoire. Ils mettent en oeuvre des chantiers gigantesques, s'approprient des lieux de prestige et mettent en place des sites où ils vont pouvoir exercer en toute discrétion leur politique de répression. "La France des Mystères" montre comment le régime nazi a marqué de son empreinte une multitude de lieux.