En plein milieu de la nuit, une employée du FBI est enlevée chez elle. Guidés par un ancien prêtre pédophile aux étranges visions, les agents Whitney et Drummy enquêtent. Ils font vite le lien entre cet enlèvement et les disparitions de plusieurs femmes en Virginie. Mais rapidement, leurs investigations s'enlisent : les indices sont minces, et le temps presse. L'agence gouvernementale décide alors de faire appel à Mulder et Scully. Leur expérience sur ce genre d'affaires sensibles pourrait s'avérer capitale. Mais des années ont passé depuis la fermeture du service des affaires non résolues. Scully est redevenue médecin, et Mulder, en disgrâce auprès du FBI, est introuvable...