La découverte de Kobol rend l'espoir aux survivants humains, bien que les tensions ne cessent de s'aggraver entre Roslin et Adama. Alors que les Cylons continuent de harceler la flotte et mènent des expériences sur Caprica, le croiseur "Pegasus", qui a survécu à l'attaque initiale des Cylons, surgit à l'improviste. Il se joint au "Galactica" pour protéger les vaisseaux. Cependant, le caractère despotique de son commandant, la cruelle Helena Cain, heurte les convictions de l'amiral Adama. La deuxième saison de Battlestar Galactica confirme la qualité de la série et celle de ses interprètes.