Les problèmes s'accumulent pour l'expédition menée le Colonel Sheppard. La cité mythique d'Atlantis est en grand danger et le Docteur Weiss est gravement blessée. La lutte continue contre des Wraiths et des Asurans de plus en plus menaçants. L'équipe, composée notamment de Ronon Dex, Teyla Emmagan et Aiden Ford, a plus que jamais besoin d'alliés. La quatrième saison du spin off de Stargate SG-1 a connu quelques changements majeurs dans son casting, qui n'ont pas affecté son succès critique.