Shinigami dévoile aux élèves de Shibusen que le tout premier Grand Dévoreur, Asura, est scellé dans le sous-sol de Death City, et leur explique sa genèse. De leur côté, Stein, Maka, Black Star, Kid et leurs armes retrouvent Spirit puis tombent sur Médusa, bien décidée à leur barrer la route vers le Grand Dévoreur. Néanmoins, Stein l'affronte et permet aux autres de la passer et de repartir à la poursuite de Crona, Elka et Free...