Ayant appris qu'un signal a été repéré, sans doute émis par Mew et en provenance d'une île lointaine, Sacha et Goh partent pour en apprendre davantage. Sur l'île, ils rencontrent divers Pokémon dont tout un petit groupe particulièrement effrayé. Ils suivent ces Pokémon et, à leur grande surprise, Mewtwo apparaît...