Daniel Jackson est de retour sur Atlantis car ses recherches suggèrent qu'un scientifique rebelle, Janus, y aurait un laboratoire secret. Décidé à retrouver cette cachette, il sollicite l'aide de McKay. Grâce à un journal de bord, ils localisent l'endroit où se situe le laboratoire et activent par mégarde un signal vers une planète lointaine. Quelques heures plus tard, de mystérieux extraterrestres débarquent...