Un décès est déclaré par l'équipage d'un navire américain menant des recherches top secrètes dans le Pacifique nord. L'équipe de Gibbs, envoyée à bord du bâtiment militaire, se heurte immédiatement au secret défense. Néanmoins, les circonstances du drame, survenu en plein mer, se révèlent des plus mystérieuses, et Gibbs exige des explications. Un bras de fer commence avec le commandant William Skinner. Les agents du NCIS apprennent alors qu'un bateau abandonné a été repéré. Ils exigent de pouvoir monter à son bord car ils pensent pouvoir y trouver des éléments de réponses. Or, cet étrange navire est abandonné. Quel secret mortel se cache dans ses soutes ?