Quatre mois se sont écoulés après l'explosion de Kirby Plaza. La Compagnie poursuit ses recherches sur le virus Shanti et envisage de le diffuser dans le monde entier. Hiro voyage dans le Japon médiéval et rencontre celui qui, quatre siècles plus tard, va s'en prendre aux fondateurs de la Compagnie. Les héros s'associent alors pour éviter une catastrophe. Prenant le temps de développer son intrigue, cette deuxième saison explore en détail le passé de ses personnages.