L'équipe de Stargate arrive à la cité des Anciens. Tous sont stupéfaits par les merveilles technologiques qu'ils découvrent sur place. L'endroit, qu'ils décident d'appeler Atlantis, est enfoui à plusieurs centaines de mètres sous l'eau, protégé par un champ de force d'une puissance incroyable. Ils découvrent bientôt un message holographique qui raconte par le détail l'histoire de la cité...