L'équipe Scorpion est amenée à intervenir sur des affaires de sécurité intérieure, d'enlèvement mais également de préservation de l'écosystème américain. Les spécialistes de l'analyse ont également fort à faire dans leur vie privée. Happy a décliné la demande en mariage de Toby, lui avouant qu'elle est mariée. Quant à Walter, il a enfin réalisé la nature des sentiments qu'il éprouve pour Paige. Cette dernière retrouve sa mère, qui lui apporte son aide. Reiko Aylesworth (24 Heures chrono) et Lea Thompson (Retour vers le futur) apparaissent au fil des épisodes de cette troisième saison. Le jour de l'élection présidentielle, Scorpion est appelé à la rescousse : quelqu'un tente en effet de se servir du scrutin pour déstabiliser le pays. Le Président en personne a demandé de l'aide à ces agents très spéciaux. Walter est néanmoins exclu de cette opération, car il doit lever des doutes au sujet de sa citoyenneté. Après une enquête minutieuse, l'équipe comprend qu'un logiciel espion agit sur les serveurs des machines de comptage de votes. Il s'agit, de toute évidence, de manipuler les résultats et de mettre en danger la démocratie américaine...