Daniel Jackson a découvert que les Anciens, grâce à la Porte des étoiles, ont exporté leur civilisation et leur savoir sur Pégase, une galaxie naine proche de la Terre. Cette civilisation antédiluvienne correspondrait à la mythique Atlantide. Afin de vérifier ces hypothèses, un nouveau programme d'exploration est mis sur pied, dirigé par le docteur Wear, une scientifique qui a remplacé le colonel O'Neill. A la demande de cette dernière, le major Shepard, un pilote d'hélicoptère que rien n'effraie, se joint à l'expédition. Ce qu'ils vont découvrir de l'autre côté de la Porte des étoiles n'est peut-être pas à la hauteur de leurs espoirs... Une expédition est menée sur une planète de la constellation Pégase. Rodney estime que cette planète possède probablement une énergie suffisante pour créer un vortex vers la Terre. Une équipe se rend sur les lieux pour tenter l'expérience. Le docteur Weir fait partie de l'expédition, qui s'avère un succès. Les membres de l'équipe parviennent à contacter le SGC et retrouvent la Terre. Cependant, ils ont bientôt le sentiment que tout n'est pas réel. Sont-ils tombés dans un piège ? Evoluent-ils à présent dans un univers parallèle ?