Anakin Skywalker et Obi-Wan Kenobi sont envoyés en mission de sauvetage : ils doivent délivrer le sénateur Palpatine des griffes du général Grievous, un sbire du comte Dooku. La mission ne se déroule pas comme prévu et Anakin achève Dooku au terme d'un combat au sabre, sous l'oeil de Palpatine. De retour sur Naboo, la situation se complique : Anakin ne peut pas avouer à ses condisciples Jedi qu'il s'est marié avec Padmé et va bientôt être père. De leur côté, Yoda et Mace Windu ne peuvent faire entièrement confiance à Anakin, qu'ils jugent trop impulsif. Pour le tester, ils lui demandent de surveiller Palpatine, dont ils commencent à se méfier. Mais Palpatine connaît leur plan et tente d'influencer Anakin. Pendant ce temps, Obi-Wan est lancé sur la trace de Grievous.