A Kiel, en Allemagne, la Kriegsmarine fait tout pour entretenir une image forte, en accueillant la Marine impériale japonaise notamment. Dans un U-Boot flambant neuf, le commandant Ehrenberg, de retour en service à bord d'un sous-marin, fait la connaissance du jeune officier, Franz Buchner, qui s'est vu confier le commandement du submersible. Mais son manque d'assurance et d'expérience en font une cible facile pour les sous-mariniers à bord. Et alors qu'ils doivent rejoindre la bataille de l'Atlantique, il finit par se faire épauler par Ehrenberg. La bande originale de la saison 3 a été récompensée aux 13e Hollywood Music in Media Awards. Forster et Hoffmann vont chercher de l'aide chez Ines et essayent de trouver un plan, tandis que Wilhelm arrive à Lisbonne. Le U-949 met le cap vers sa destination : le Portugal. Le temps presse, ce qui les oblige à évoluer en surface. Une mission dangereuse, d'autant que le Perseverance est à leurs trousses...