Eve et Flynn rappellent les trois autres bibliothécaires afin de reprendre la quête des artefacts. Mais Prospero n'a pas dit son dernier mot. Le sournois professeur Moriarty, une entité métamorphe, une inquiétante université, et même une inextricable boucle temporelle font partie des nombreux défis qu'ils vont devoir relever. Toujours dans une ambiance rétro, cette saison au rythme effréné mélange avec bonheur tous les grands thèmes classiques de la littérature de genre, d'Arthur Conan Doyle à HP Lovecraft. Une expérience, utilisant la puissance d'une pierre venant de l'Atlantide, tourne mal. Les Bibliothécaires se retrouvent expédiés dans un monde parallèle, qui a l'apparence d'un jeu vidéo. Chaque échec les oblige à recommencer le jeu, et vide la mémoire de chacun, sauf celle d'Ezekiel, qui est le seul espoir de salut...