Eve et Flynn rappellent les trois autres bibliothécaires afin de reprendre la quête des artefacts. Mais Prospero n'a pas dit son dernier mot. Le sournois professeur Moriarty, une entité métamorphe, une inquiétante université, et même une inextricable boucle temporelle font partie des nombreux défis qu'ils vont devoir relever. Toujours dans une ambiance rétro, cette saison au rythme effréné mélange avec bonheur tous les grands thèmes classiques de la littérature de genre, d'Arthur Conan Doyle à HP Lovecraft. Après des mois passés à travailler chacun de son côté, les Bibliothécaires se retrouvent à New York à l'occasion d'une exposition, rassemblant des artefacts pour le compte d'un mystérieux client. Il s'avère que ce dernier est Moriarty, qui a besoin de ces objets pour son maître, le magicien Prospero. Le sorcier crée une puissante tempête qui menace Manhattan. Les Bibliothécaires tentent de la dissiper...