Ziva, qui avait disparu en Afrique orientale lors d'une mission, a beaucoup inquiété ses collègues et amis. Son retour dans l'équipe rassure sa hiérarchie. Gibbs, quant à lui, retrouve la trace de son mentor, Mike Franks, qui l'avait formé dans le métier d'agent spécial. Franks pourrait être lié à un double meurtre. DiNozzo, alors qu'il enquête sur une tentative d'assassinat sur un prince saoudien en visite, croise son père. DiNozzo entretient avec lui des rapports complexes. Gibbs le pousse à clarifier la situation. Maître Hart, avocate, se retrouve à nouveau sur la route de Gibbs. Tantôt séduit, tantôt agacé, Gibbs ne sait plus que penser. Plus tard, au Mexique, il doit répondre d'une accusation de meurtre sur un trafiquant de drogue. Une saison qui dévoile des pans insoupçonnés du passé et de la personnalité de l'agent Gibbs.