Mac démontre son attachement à la procédure et exige de ses collaborateurs une intégrité à toute épreuve. Lorsqu'Aiden, tout à sa volonté de résoudre une affaire de viol, décachette un scellé, Mac l'exclut de l'équipe. Sa remplaçante, Lindsay Monroe, une enquêtrice originaire du Montana, fait aussitôt les frais des moqueries de Danny. Sheldon intègre l'équipe et cède sa place de médecin légiste à Sid Hammersback. Dans cette saison, Stella elle-même fait l'objet d'une affaire, lorsque son ancien petit ami vient la séquestrer chez elle. Une saison 2 solide, dont le septième épisode fait intervenir l'équipe des "Experts : Miami" à l'occasion d'un crossover. Un chirurgien esthétique est agressé dans la gare centrale de Manhattan avec de la soude caustique. La forme des blessures qu'il a sur les mains intrigue Mac et Hawkes, chargés de l'affaire. Les premiers éléments indiquent que l'homme n'était pas très apprécié de son entourage. Quant à Stella et Danny, ils enquêtent sur la mort d'une jeune fille aveugle, retrouvée sur le toit de l'immeuble où vit son ancien petit ami. Pour réussir à trouver des preuves, le duo d'experts est obligé d'infiltrer le milieu des soirées pour adultes. De son côté, Aiden désespère de pouvoir arrêter l'individu qu'elle soupçonne d'avoir violé une femme à deux reprises...