Les Cylons ont pris le contrôle de New Caprica, où les humains sont soumis à un régime autoritaire. Certains choisissent de collaborer avec les occupants, d'autres résistent. Pendant ce temps, dans l'espace, Adama et la flotte préparent une offensive pour libérer les survivants de la tutelle cylon. Une fois que tous sont réunis vient le moment de s'occuper de ceux qui ont aidé les Cylons. Alors que l'exode reprend dans l'espace, certains demandent une justice expéditive. S'ouvrant à des thèmes plus larges que ceux typiques de la science-fiction, cette troisième saison parvient à conserver tout l'intérêt de la série.