Quelques années après leur départ du NCIS, Tony et Ziva vivent à Paris où ils élèvent leur fille Tali. Tony est à la tête de sa propre société de sécurité tandis que Ziva dirige une école internationale de langues. Lorsque les comptes bancaires d'Interpol est piraté via un logiciel nommé 9.4, Tony et sa directrice technique Claudette parviennent à y mettre un terme. Mais, pour récupérer le virus informatique, un certain Galimard menace la vie de Tali, forçant les deux anciens agents à reformer leur duo….