Trois mois après que Tom a embarqué dans un vaisseau alien, la vie du 2e régiment du Massachusetts continue de s'organiser. Hal Mason est devenu aguerri au combat. Quand Tom est retrouvé, il lui faut du temps pour retrouver ses esprits. Le régiment décide de se rendre à Charleston où une autre communauté s'est installée. Parallèlement, les hommes étudient les Skitters, les aliens, et découvrent que certains sont asservis à des aliens plus puissants encore et qu'il existe des résistants parmi les créatures extraterrestres. La 2e saison de Falling Skies est plus intense que la première et le récit se développe avec aisance.