Rodney et Zelenka tentent de comprendre pourquoi la Porte des étoiles d'Atlantis ne fonctionne plus. Ils apprennent qu'un objet s'est écrasé sur la cité : il s'agit d'une sonde qui présente des impacts de balles. Rodney pense que l'objet pourrait avoir été fabriqué par les Réplicateurs. Après quelques incidents, l'équipe se rend compte que le personnel de la base se comporte de manière étrange...