Parti à la recherche de Teyla, le colonel Sheppard retourne sur Atlantis. A son arrivée, il découvre une cité abandonnée qui ne se trouve plus au milieu de l'océan mais dans un désert immense. L'hologramme d'un McKay âgé apparaît et lui explique qu'une anomalie l'a envoyé 48 000 ans dans le futur...