Grâce à l'artéfact du Phoenix qui se trouvait dans sa poche, Artie a survécu à l'explosion. Leena découvre la trace d'un autre agent de l'Entrepôt 13, une femme nommée HG Wells. Madame Frederic réalise que c'est Leena qui subtilisait les artéfacts. Wells aide l'équipe à trouver de nouveaux objets magiques bien qu'Artie ne lui fasse pas confiance. Chaque épisode de cette saison 2 est bâti autour d'une référence zodiacale. Le personnage ambigu d'HG Wells a largement contribué au succès de cette saison 2. Douglas Fargo, qui travaille pour Global Dynamics, est venu d'Eureka pour aider à mettre à jour le système informatique de Warehouse 13. Mais alors que Fargo arrête l'ancien système afin de mettre le nouveau en place, un virus s'introduit dans le réseau, bloque les issues et l'équipe se retrouve enfermée dans le bâtiment. Artie reconnaît dans la voix de l'alerte informatique celle de Hugo Miller. D'après Artie, l'homme est en dépression nerveuse et vit dans un sanatorium tout proche...