Grâce à l'artéfact du Phoenix qui se trouvait dans sa poche, Artie a survécu à l'explosion. Leena découvre la trace d'un autre agent de l'Entrepôt 13, une femme nommée HG Wells. Madame Frederic réalise que c'est Leena qui subtilisait les artéfacts. Wells aide l'équipe à trouver de nouveaux objets magiques bien qu'Artie ne lui fasse pas confiance. Chaque épisode de cette saison 2 est bâti autour d'une référence zodiacale. Le personnage ambigu d'HG Wells a largement contribué au succès de cette saison 2. Mac Pherson a réussi à s'échapper de l'Entrepôt avec des artefacts de bronze. Pendant ce temps, Pete et Myka se dirigent vers Londres afin de recueillir des indices sur le plan que prépare MacPherson. L'attaque contre Artie soulève bien des questions. Où MacPherson a-t-il disparu ? Leena joue-t-elle un double jeu ? Où se trouve Claudia ? Comment Pete, Myka et les gens de l'Entrepôt vont-ils affronter l'avenir sans Artie ? De quels autres ravages MacPherson s'est-il rendu responsable dans l'Entrepôt ? Et s'il n'était pas seul à agir dans l'ombre ? D'innombrables questions qui ne trouvent hélas pas toutes leurs réponses...