Callen et Sam travaillent avec le capitaine Harmon Rabb afin de localiser un groupe de sympathisants de l'Etat islamique à bord de l'USS Allégeance. Hetty fait appel à son amie, la colonelle Sarah Mackenzie, dans le but d'obtenir des informations sur un diplomate russe compromis. Les agents du NCIS doivent agir au plus vite pour empêcher le déclenchement d'un nouveau conflit mondial...