Un agent infiltré de l'ATF est assassiné par des yakuzas. L'exécution est postée sur internet. Le NCIS doit absolument savoir si l'homme a communiqué les noms d'autres collègues sous couverture après avoir été torturé. Au cours de l'enquête, les enquêteurs découvrent qu'un agent travaille en fait pour la mafia et offre des informations capitales aux bandits. Ils doivent à tout prix démasquer la taupe et protéger les agents qui pourraient être menacés. De son côté, Granger ne trouve plus Kensi. Celle-ci s'est livrée aux insurgés afghans afin de chercher le "White Ghost"...