Sam et Callen sont retirés d'une mission d'infiltration pour enquêter sur le meurtre d'un programmateur informatique ayant travaillé sur la cyber-insécurité du NCIS. L'enquête révèle qu'un membre de l'équipe y serait compromis. Par ailleurs, à Washington, Hetty doit répondre aux questions du comité de supervision sur la mission de Kensi en Afghanistan tandis qu'à Los Angeles le NCIS voit débarquer le département de la justice, venu enquêter sur l'institution et ses agents...