D'enquête en enquête, les relations entre la DHR, une organisation de policiers corrompus, et la mafia russe se dégradent. Reese, traqué, blessé, tente d'échapper à ses poursuivants. Carter poursuit son objectif : faire tomber la DRH. La machine a pris son indépendance. Nul ne sait quels buts elle s'est fixée. Du fond de son asile, Root tente de se reconnecter et de s'évader. Shaw apporte à Reese et Finch une aide que sa violence rend problématique. Amy Acker et Sarah Shahi sont promues au rang de personnage principal dans cette troisième saison. Le nouveau numéro indiqué par la Machine est celui d'Ian Murphy, un jeune investisseur. C'est en héritant de façon inattendue de 100 000 dollars, quelques années plus tôt, alors qu'il était un étudiant fauché et orphelin, qu'il a pu se constituer un solide portefeuille d'affaires. Reese et Shaw commencent par l'observer pendant un rendez-vous galant. Puis Reese part visiter son appartement, laissant à Shaw le soin de poursuivre la filature. Ce qu'ils découvrent, l'un comme l'autre, les amène à penser que Murphy est un prédateur, qui traque des femmes. Il compile des renseignements sur ses proies avant de les rencontrer...