La machine poursuit son oeuvre de surveillance tout en communiquant à Finch et Root les noms des personnes qu'il convient de suivre. Plus le temps passe, plus la machine montre une réelle autonomie. Elle semble tisser des liens particuliers avec Root, qui a toute sa confiance. Elle agit de plus en plus comme une véritable intelligence artificielle. Une saison 4 qui complexifie les relations entre la machine, son créateur et les autres personnages qui gravitent autour d'elle. Finch, Reese, Root et Shaw sont désormais les cibles à abattre pour Samaritain. Obligés de se cacher derrière l'apparence d'une vie normale, ils sont respectivement devenus professeur d'Université, vendeuse de grand magasin et policier. Mais la Machine finit par réunir Reese et Shaw pour leur communiquer le numéro d'Ali Hasan, propriétaire d'un magasin d'électronique et victime d'un gang qui l'oblige à monter un réseau invisible de télécom pour faciliter leurs affaires. Reese fait appel à Finch, mais celui-ci refuse de l'aider, n'ayant plus confiance en la Machine après qu'elle a leur a demandé d'assassiner un parlementaire...