1560, à Santa Cruz, au Pérou. Une expédition de quatre cents personnes, commanditée par Philippe II d'Espagne, part à la recherche du pays de l'or, "El Dorado", en remontant le fleuve Amazone. L'expédition, dirigée par le fringuant Pedro de Ursúa, poursuit en fait deux buts : enrichir le royaume, d'une part, annexer de nouvelles terres, d'autre part. Parmi les soldats se trouvent Lope de Aguirre et sa fille Elvira. Les difficultés ne tardent pas à survenir. Une des embarcations sombre dans les eaux sombres du fleuve. La présence d'Ines, la compagne du commandant, suscite bien des convoitises et énerve les hommes d'équipage. La rébellion guette...