Un groupe de toxicomanes en manque cambriole une pharmacie. La police arrive sur les lieux, et une sanglante fusillade coûte la vie au pharmacien et aux voyous. Nikita, seule rescapée, est arrêtée après avoir abattu un policier. Jugée, elle est condamnée à perpétuité. Mais les autorités ont décidé qu'elle sera mise à mort puis officiellement déclarée suicidée. Après un simulacre d'exécution, elle se retrouve dans un centre de formation pour agents secrets où Bob, son instructeur, lui propose une alternative, dont les deux termes sont les suivants : collaborer et travailler pour l'Etat ou se retrouver pour de bon dans ce cimetière où toute sa famille la croit déjà enterrée. Au bout de trois ans d'entraînement, après une mission particulièrement périlleuse, Nikita est prête.