Une organisation secrète appellée le Syndicat a l'intention de relancer un programme scientifique capable de modifier génétiquement l'organisme humain afin de créér des super agents, des assassins sans pitié ni émotions, dotés d'une force hors du commun. Pour cela, le Syndicat veut mettre la main sur la fille du scientifique à l'origine du programme, un certain Peter Litvenko. Sa fille, Katia van Dees, elle, se trouve à Berlin, à la recherche de son père. L'agent 47, un de ces assassins professionnels, est chargé de faire échouer les plans du Syndicat. Il est aussi sur les traces de Katia.