A la recherche de la Team Flare et de Pouic, la Team Rocket rencontre un Pokémon qui lui ressemble, celui que l'on connaît sous le nom de Z2. Les deux équipes s'affrontent, et Z2 change plusieurs fois de ravisseurs jusqu'au moment où il fusionne avec de nombreuses cellules pour devenir un Pokémon reptilien puissant et menaçant, dont les attaques bousculent ses ravisseurs...