Au XVIIe siècle, la Toscane est ravagée par la peste. Au couvent de Pescia, la novice Benedetta affirme avoir les stigmates du Christ. Felicita, la mère supérieure, pense avoir affaire à une affabulatrice. La population en revanche n'a aucun doute : Benedetta est une sainte. Un soir, Bartolomea, une jeune femme pauvre, intègre le couvent. Benedetta est troublée en sa présence. Très vite, elles deviennent amantes. Pendant ce temps, la relation très particulière de Benedetta avec Dieu est remise en question. La novice devient la cible de Felicita et de la hiérarchie de l'Eglise...