Carol Danvers découvre un jour ses superpouvoirs. Elle ignore d'où ils viennent. Elle a d'ailleurs tout oublié de son passé. Les Skrulls, des extraterrestres, débarquent sur Terre afin de l'envahir. Ils disposent d'une arme redoutable, celle de prendre n'importe quelle apparence. Carol Danvers, devenue Captain Marvel, propose alors ses services à Nick Fury. La jeune femme fait partie de la communauté des Krees, des soldats d'élite aux pouvoirs surnaturels menés par Mar-Vell. Afin de maîtriser complètement ses capacités, elle s'entraîne et tente de faire la lumière sur ses origines...