Malgré ses problèmes de santé, Chloé est déterminée à reprendre le travail. Alyson et Hugo, de leur côté, poursuivent leur stage, tandis qu'Arben a disparu sans laisser de trace. Il s'avère qu'il a opté finalement pour le métier de secouriste, une information qu'il tente de garder secrète le plus longtemps possible. Mais le désir d'exercer la médecine le taraude malgré tout. Très attendue, la saison 2 de "Hippocrate" parvient cette fois encore à conjuguer regard réaliste sur le monde de l'hôpital et intrigues bien ficelées, incarnées par des personnages attachants. L'hiver est arrivé avec son lot de malades qui submerge les hôpitaux. A l'hôpital Poincaré, une canalisation d'eau cède, inondant le service des urgences. Tout son personnel doit provisoirement exercer dans le service de médecine interne. Pendant que Chloé tente de revenir travailler malgré ses problèmes de santé, Alyson et Hugo poursuivent leur stage. Personne n'a de nouvelles d'Arben, disparu sans laisser un mot. Tous travaillent dans des conditions difficiles, sous l'autorité du docteur Olivier Brun, le charismatique chef du service des Urgences. Les patients souffrant d'intoxication au monoxyde de carbone doivent être triés avant d'être soignés. Alyson se bat pour que son patient puisse aller dans le caisson hyperbare. Arrivé avec les intoxiqués, Arben, maintenant secouriste, évite soigneusement ses anciens collègues. Malgré son manque d'expérience, Hugo est envoyé au caisson par Brun et Wagner pour accompagner la ré-oxygénation des patients. Devant ses anciens collègues, Chloé, Alyson et Hugo, Arben parvient à garder son secret. Après l'incident survenu dans le caisson hyperbare, Hugo est réaffecté au bureau d'accueil des patients. Il doit aussi supporter les reproches du professeur Brun et de sa mère. De son côté, Alyson se révèle dans ses nouvelles missions aux urgences. Chloé, toujours en difficulté, échoue à diagnostiquer une rougeole. L'équipe entière est choquée par la découverte d'une patiente inanimée dans la "boîte à fous". Une enquête interne est aussitôt ouverte pour trouver le responsable. A cette occasion, Brun découvre la gestion chaotique des patients par les internes. Arben est rattrapé par son envie d'exercer la médecine et soigne de manière clandestine un patient, avec la complicité de Chloé, qui risque des ennuis en faisant ainsi. Hugo découvre que madame Marciano était la patiente d'Igor et doit en informer Olivier Brun. Il commence à s'inquiéter pour son ami qui montre des signes de surcharge mentale. Chloé est troublée par un de ses nouveaux patients, Joachim Prigent, qui se montre ambigu avec elle. Brun propose à Arben de travailler aux urgences en renfort... Suite à l'incident survenu avec madame Marciano, Brun réorganise le fonctionnement du service des urgences. Igor essaie de faire bonne figure mais il montre des signes d'épuisement. Hugo est une nouvelle fois en conflit avec sa mère qui lui refuse un anti-douleur pour un patient en grande détresse. Nathalie découvre qu'Arben est revenu et lui demande de partir... Alyson surprend Arben et Nathalie en pleine discussion et pense avoir compris les raisons de son départ. Hugo est de plus en plus inquiet pour Igor, qui n'est pas venu travailler. Alyson, soutenue par Brun, prend une décision radicale pour son orientation. Chloé est menacée de reclassement mais la jeune femme fait face... Hugo découvre Igor inanimé dans le caisson hyperbare. S'agit-il d'un accident ou d'une tentative de suicide ? Tout le monde est sous le choc. L'interne est pris en charge par ses collègues, qui craignent pour sa vie. Les avis divergent quant à la prise en charge médicale d'Igor. Reprendre le travail dans ces conditions n'a rien d'évident. Brun prend une décision radicale pour le service.