La Fondation Phoenix reçoit la visite de Jerry Ortega, ancien membre de Hawaii Five-0, qui a autrefois aidé Mac et est connu pour ses théories de la conspiration. Ortega a découvert des éléments du CODEX qui, selon lui, pourraient être utiles. Cependant, Mac et Desi sont retirés par Matty pour une affaire, et celle-ci est personnelle. Son ami et ancien mentor, un héros de la guerre froide, a communiqué avec elle au sujet d'étranges maladies parmi son personnel. De retour chez lui, Ortega apprend que le CODEX travaille sur le projet d'une bombe...