Lors de ses missions sur d'autres planètes, SG-1 doit souvent gérer des peuples en conflits, qui risquent de détruire leur monde dans une guerre fratricide. Il faut alors toute la diplomatie de Daniel Jackson et l'énergie du colonel O'Neill pour calmer les esprits. La Tok'ra, l'organisation rebelle qui aide les Terriens, a découvert, de son côté, que des soldats SG avaient été victimes d'un lavage de cerveau. Au cours des examens qui permettent de les détecter, le colonel O'Neill est obligé d'avouer les sentiments qu'il nourrit envers Samantha Carter. Apophis, lui, utilise le traître Tanith pour tenter de briser la révolte des Tok'ra. Pendant cette 4e saison, la série a reçu un Academy of Science Fiction, Fantasy & Horror Films Award.