Alors que Gibbs mène en cachette de ses coéquipiers une enquête avec Fornell pour retrouver le dealer que Tobias tient pour responsable de l'overdose de sa fille, le reste de l'équipe s'implique dans différentes investigations. Un retour dans le passé permet de découvrir les premiers pas de Gibbs au sein du NCIS. Les vacances de McGee et Delilah se tranforment en mission risquée, tandis que la Covid frappe un proche des enquêteurs. Le cap du 400e épisode est franchi au cours de cette saison - la plus courte de l'histoire de la série, marquée également par les départs de Maria Bello et Emily Wickersham. Le quartier-maître David Avila est retrouvé criblé de balles au volant de sa voiture alors qu'il reconduisait chez lui un ancien prisonnier récemment libéré. Pendant que le NCIS enquête sur le meurtre de cet officier, Gibbs tente d'aider le médecin légiste à surmonter la mort de sa femme Breena. Celle-ci a été emportée par la Covid deux mois plus tôt, laissant le médecin légiste seul avec leur fille Victoria. Depuis, Palmer travaille sans relâche.