Peu à peu, l'expédition installe son matériel et ses effectifs au sein de la mythique cité d'Atlantis. Alors que le docteur Rodney McKay se porte volontaire pour mener à bien une expérience de thérapie génique aux conséquences encore incertaines, il actionne par mégarde une étrange pierre ancestrale qui, une fois déclenchée, sert apparemment de bouclier individuel. McKay semble subitement être devenu invulnérable. Cependant, une intrusion extraterrestre passant d'abord complètement inaperçue menace directement la base. C'est alors que l'on constate la disparition d'un enfant athosien, qui jouait avec ses camarades...