L'attaque des Wraith fait rage sur Atlantis. Le docteur Beckett est surpris de voir à quel point le lieutenant Ford se remet rapidement de ses blessures. Il soupçonne les Wraith de lui avoir injecté une substance qui pourrait se révéler destructrice. Alors que le major Sheppard et son équipe sont en mauvaise posture, le Dédale, un vaisseau très performant venu de la Terre, leur porte secours. Mais leur répit est de courte durée. Les Wraith préparent en effet une nouvelle attaque, beaucoup plus importante que la précédente. Les chances de survie de l'équipe résident en un plan orchestré par McKay, qui s'avère très compliqué à réaliser.