Deux agents s'introduisent chez Beale, qui est en train d'effectuer une mission clandestine pour Hetty Lange. Il les accueille sans méfiance, croyant être sauvé, car ils ont toutes les apparences d'agents du NCIS. En réalité, il s'agit de faux agents. Avant qu'il ait le temps de s'en rendre compte, ils le kidnappent. Prévenus, Callen et Sam se rendent immédiatement à San Francisco pour tenter de le retrouver. Ils vont devoir faire preuve de perspicacité s'ils veulent arriver à temps pour délivrer leur coéquipier...