Après la mort d'une femme de l'équipage, l'USS Allegiance, le navire où se trouve Callen et Sam, est mis en quarantaine pour une possible exposition au virus Ebola. Les deux hommes cherchent des espions potentiels à bord du bateau. De leur côté, Kensi et Deeks enquêtent sur le meurtre d'un officier de police qui vient de quitter l'USS Allegiance et qui pourrait être lié au virus. Ils retracent les déplacements de la victime...