D'enquête en enquête, les relations entre la DHR, une organisation de policiers corrompus, et la mafia russe se dégradent. Reese, traqué, blessé, tente d'échapper à ses poursuivants. Carter poursuit son objectif : faire tomber la DRH. La machine a pris son indépendance. Nul ne sait quels buts elle s'est fixée. Du fond de son asile, Root tente de se reconnecter et de s'évader. Shaw apporte à Reese et Finch une aide que sa violence rend problématique. Amy Acker et Sarah Shahi sont promues au rang de personnage principal dans cette troisième saison. Avec le calme qui le caractérise, Finch tente d'expliquer à Shaw, qu'elle doit adoucir ses manières envers ceux qu'elle défend. Le tact étant un échec, il discute de ce problème en privé avec Reese. Mais sans plus de résultats, d'autant que Shaw entend leur conversation car elle a caché un micro dans la bibliothèque de Finch. Toutefois, elle est directement confrontée à son problème relationnel lorsqu'elle rencontre le nouveau numéro dont l'équipe doit s'occuper : Genrika Zhirova, une jeune Russe de 10 ans. Arrivée aux États-Unis pour vivre avec son grand-père, elle se retrouve à la charge d'un cousin éloigné, drogué et qui se soucie bien peu d'elle...